L'essentiel des étudiants diplômés se dirigent vers la poursuite d'études préparant aux métiers des domaines étudiés (environnement, géologie sédimentaire, paléontologie, biologie, biochimie, biodiversité, …). Les étudiants titulaire de la licence ont accès aux Masters correspondants au sein de l'Université Bourgogne Europe et en Europe.

Moins fréquentes, d’autres poursuites d’étude sont également possibles auprès de l’Institut de Préparation à l’Administration Générale (IPAG) qui prépare les candidats aux concours administratifs de catégorie A, et de l’École Supérieure du Professorat et de l’Education (ESPE) prépare au professorat des écoles ou des collèges et lycées (CAPES et Agrégation de Sciences de la Vie et de la Terre).