Après les trois années de CPES, la poursuite d'études peut être envisagée en Grande École ou en Master dans des domaines diversifiés comme les secteurs de la chimie, des géosciences, de l'agroalimentaire, du biomédical et de la santé, de l'environnement et des énergies.

Plus spécifiquement pour le parcours IBP, les étudiants pourront intégrer des écoles d'ingénieur comme les écoles d'agronomie accessibles par le concours B, les écoles généralistes accessibles par les épreuves GEI-Univ, les autres écoles d'ingénieur généralistes accessibles sur dossier et entretien (écoles des Mines ...). Les étudiants pourront également rejoindre des masters en lien avec leur spécialisation de 3ème année  : masters de chimie, de neurosciences, de toxicologie, de sciences cognitives, d'ingénierie biomédicale... Quelques étudiants pourront, sous conditions, intégrer le cursus des études de pharmacie à Université Paris Cité.