Le BTS a pour objectif l'insertion professionnelle mais, avec un très bon dossier ou une mention à l'examen, une poursuite d'études est envisageable en licence professionnelle (principalement dans le domaine de l'agroalimentaire, spécialités hygiène et sécurité des productions agro-alimentaires, sécurité et prévention du risque alimentaire, nutrition appliquée...), en licence de biologie ou d'agroalimentaire, ou en classe préparatoire aux concours d'entrée des écoles d'ingénieurs.