Après les trois années de la licence d'histoire, les étudiants peuvent poursuivre leurs études aisément à l'université de Franche-Comté puisque différents masters, qui complètent leur formation, sont proposés. Ainsi, le master « recherche », qui permet de découvrir les techniques de la recherche en histoire, est proposé par le département d'histoire tandis que le master Meef « professeur des écoles » ou « professeur des lycées et collèges » est organisé à l'Ecole Supérieur du Professorat et de l'Éducation, en collaboration avec le département d'histoire. Les étudiants peuvent également choisir des masters dans d'autres universités dans le domaine du patrimoine, du journalisme ou de la gestion culturelle.