Le Cursus Master Ingénierie (CMI) peut ouvrir l'accès à un doctorat en Sciences à l'issue des concours organisés par les Ecoles Doctorales ou par le biais de financements industriels (type CIFRE par exemple).

Le Cursus Master Ingénierie étant intégré au sein d'un parcours de licence en biologie cellulaire, il est tout à fait envisageable de se réorienter en cours de cursus dans d'autres domaines de la biologie mais le diplôme de Cursus Master Ingénierie Immunologie, Immunothérapie et Immunoingénierie nécessite la complétion des cinq années d'étude jusqu'à l'obtention du diplôme de master en immunologie intégrant les enseignements spécifiques du CMI.