A l'issue de sa formation, l'assistant ingénieur exercera son activité dans le management de la production agricole, la diffusion des innovations techniques et matériels, le conseil en méthode de production et gestion des espaces naturels (coopératives agricoles, chambres d'agriculture), l'amélioration variétale et certification de semences (entreprises de sélection et phytosanitaires).

La poursuite d'études est possible en master après sélection sur dossier ou en école d'ingénieurs pour les étudiants se plaçant en tête de promotion. Des concours spécifiques existent pour les étudiants inscrits en BUT et souhaitant intégrer une école d'ingénieurs (concours C2).