Les classes préparatoires aux grandes écoles de première année, filière PCSI (Physique, Chimie et Sciences de l'Ingénieur), permettent ensuite de poursuivre en deuxième année dans les filières PC, PC\* ou PSI.

Nous préparons aux concours des grandes écoles d'ingénieurs  : Centrale-Supélec, Mines-Ponts et Mines-Télécom, Polytechnique-ENS, INP, E3A-Polytech, INSA.

Il est également possible d'intégrer après nos deux années de CPGE une école militaire d'officiers, ou une école formant des pilotes d'aviation civile.

Une convention a été signée par le lycée Victor Hugo et l'Université de Franche-Comté  : cette convention permet de favoriser des passerelles entre les classes préparatoires et l'université des sciences et techniques en fin de chaque semestre.